医用真空系统是医院设计建设的重要部分，其主要应用原理就是负压吸引。在医用真空泵系统的建设中，医用真空泵选型不同于一般的工业真空泵选型，这些不同主要涉及3个方面。
首先是工业生产应用中的真空真空度往往较高，而医用真空的真空度则比较低。工业生产涉及的真空应用更为广泛，跨度大，很多真空应用的真空度往往在绝压1hPa以下；而医用真空主要是用负压吸引，一般不需要过高的真空度，压力大多在13～60kPa之间，大部分要远低于工业真空泵。因此在医用真空泵选型中，要予以区分。
第二点是真空室使用的连续性不同。工业真空应用中的真空室很多都是间断使用，意味着真空泵的运行大多也是间断性的；而医用真空系统则都是是连续使用，且是不同的用气点位同时使用的。
第三，真空使用目的不同。工业真空泵大多是抽出真空室内的气体，制造真空环境用于生产所需；而医用真空在前面提到大多是用于负压吸引，主要是抽出各类液体（当然也有用于抽出麻醉废气等用途）；因此在医用真空泵选型中，主要关注的是在设计压力下真空泵能够提供多少的体积流量，单位时间内能够吸出多少的液体，这点也不同于工业真空泵选型，需要考虑真空度、对应的抽速以及入口压力等诸多因素。
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